قضيتان مهمتان بين صندوق البحث العلمي والجامعات وعلى رأسها الجامعة الأردنية، ومع أنه لا شك بأن صندوق البحث العلمي يبذل جهودا كبيرة في دعم البحث العلمي وفق سياسات مقبولة وحسب احتياجات البلد، وبرغم حرص مديرة العام على ضمان الحصانة للصندوق وتعزيز دورة في تحصيل امول البحث العلمي إلا أن البحث العلمي ليس بخير في الجامعات التي تتحايل احيانا بطرق ملتوية على تعلميات الصندوق الذي بات اليوم اكثر شدة ومطلوب أن يكون اكثر دقة في مراقبة امواله وهو يسعى لذلك بشكل حثيث.
أحد أوجه التعاون بين الصندوق والجامعات كان انشاء مجلات وطنية، لمعايير قيل أنها عالمية، وللأسف في بعضها ليس لها إلا الاسم، وهي مجلات اضحى بعضها اشبه باقطاعيات لاشخاص يرثونها ويبقون على هيئات تحرير دون تغيير ملموس، واحيانا تجد في المجلة الواحدة بحثان لشخص واحد باسيمن، ومن العيب والمعيب ان يبقى رئيس تحرير لمدة تقارب العشر سنوات في رئاسة تحرير إحدى المجلات.
الصندوق يرد على ذلك بأنه يتلقى الترشيح من الجامعات باسماء الهيئات، ولكن يجب أن يكون أكثر حزماً بعدم التكرار للهيئات أكثر من مرة ويجب أن يضمن استمرارية التجديد بمراقبة التغيير في هيئات التحرير، في كل مجلاته التي يمول دعهما، ولكن جلّ الأزمة تمكن في الجامعات ذاتها التي تريد التعامل مع الأمر من باب المخاجلة.
قضية اخرى تتعلق باساتذة الشرف في الجامعات، وأكثر الجامعات تعرضا لضغط هذا الأمر هي الجامعة الأردنية، وفيها اليوم حسب موقعها عشرون استاذ شرف(احدهم توفي) وبالتالي لدينا تسع عشر منهم قدموا الكثير في المسار العلمي الجامعي والإداري أيضا ولهم كل احترام، وبعضهم اليوم يأتون للجامعة ويعملون أو فقط يكتفون بالتواجد في مكاتبهم وهذا أمر طيب أن تقدر الجامعة علمائها، ولكن يجب ان لا يكون فيهم استثناء بأن لا يديروا أعمالاً إدارية أو يتولون أعمالاً يمكن أن يقوم بها اساتذه عاملون، فاساتذة الشرف يُستعان بهم في لجان مشروعات البحث العلمي داخل الاقسام  والرسائل العلمية وبالتالي يشكلون مناخاً من المعرفة يعاد إليهم بالرأي من قبل رؤساء الأقسام دون الزام بذلك.
لذلك، لا بد لرئيس الجامعة اليوم أن يتخذ موقف واضح من هذه المسألة، وأهم ما فيها عد تجاوز التعليمات في المهام والصفة العملية لهم، وأن يضع معايير واضحة لمنح هذا اللقب وعلى رأسها الـتأثير، والاقتباس العلمي، والسمعة العلمية المبنية على منجز اصيل، وأي معايير أخرى يراها ممكنة القياس.